سال ۲۰۳۴ است. از حوادث وادنخا و مأموریت آرتیوم و همراهانش که به نابودی موجودات تاریکی و زیستگاه شان منجر شد، یک سال سپری شده است.
در آن سوی دیگر مترو، ساکنین ایستگاه سواستوپولسکایا روزانه در حال دست و پنجه نرم کردن با تهدیدات و مشکلات جور واجور هستند. سرنوشت ایستگاه شان به محموله ی مهمانی است که رو به اتمام است. مفقود شدن کاروان های عازم به ایستگاه شان و قطع شدن خطوط ارتباطی با ایستگاه های دیگر هرچه بیشتر از قبل آنها را به آستانه ی نابودی نزدیک کرده است.
برای حل این مشکلات، گروهی کوچک به مأموریت اعزام می شوند: احمد جوان، هومر پیر که رؤیای ادیب شدن و جاودانه کردن بخشی از تاریخ را که خود در آن زندگی می کند در سر دارد، و در آخر شکارچی که زمانی در میان موجودات تاریکی گم شده بود، ولی اکنون با هویتی جدید و غیرمنتظره به جمع انسان های مترو بازگشته است. در طول سفرشان، ساشا، دختر مردی تبعید شده که قبلا فرمانده ی یک ایستگاه را بر عهده داشته، به آن ها ملحق می شود.
با کشف آثار یک بیماری مرگبار که در صورت گسترش یافتن، امنیت کل ساکنین مترو را به خطر خواهد انداخت، مأموریت این گروه کوچک وارد فاز جدید و حیاتی می شود و در صورتی که در انجام آن با شکست مواجه شوند، قربانیان ناکامی شان دیگر به ساکنین سواستوپولسکایا محدود نخواهد شد...